升入私立咲钟湖学园高中的阿佐谷未乃爱，只是个动画的入门菜鸟，但她却被同年级的上井草有栖强行邀请成立了动画研究部。通过与同年级的高圆寺美子以及喜爱动画的前辈们相遇，未乃爱逐渐沉浸在动画的世界中。动研部员一边要面对学生会固执的废部劝告，一边对于渐渐逼近的世界灭亡一无所知，成天在活动室、在秋叶原、在圣地、在温泉，聊着动画的事情。

健美班女教练阿芝和隔壁的私人侦探阿佐是一对欢喜冤家，两人一见面便口角不断，笑话连连。某天，四个劫匪抢劫了富商曹先生的名贵钻石，逃亡途中阴差阳错将钻石掉到了阿芝那里。一无所知的阿芝随后遭到劫匪们的追杀，最终被绑架而去。渐渐喜欢上阿芝的阿佐眼看心上之人身陷虎口，懊恼不已。幸亏其助手IQ博士送给阿芝的防狼器中藏有跟踪器，二人一路追踪到劫匪的藏匿窝点。却不知，阿芝几经周折已脱身而出。但穷凶极恶的劫匪怎肯罢休，誓要得到钻石为止，而他们的背后似乎又有个黑手暗中操控……

在正在旅行的小智一行人面前，突然出现了一个笼罩着白烟的庞然大物从天而降落在他们的面前，落下的震荡和冲击导致四周一片混沌。在白烟和尘土中出现的是一个巨大的身影——正是梦幻之神奇宝贝ボルケニオン。 在远离人烟的浓雾高原上，和被人类伤害过的神奇宝贝们共同生活的ボルケニオン，实际上非常讨厌人类。无视小智一行人匆忙离去的ボルケニオン，立即准备离开，但从天而降的冲击使奇妙的装置把它和小智粘在一起，两位无法分开。束手无策的ボルケニオン只好拖著小智继续跑去。 在另一个地方，巨大的齿轮在四面八方持续转动着。超级机械都市水银